特別会計

特別会計は、一般会計とは独立した収支管理を行う必要がある特定の事業・資金を対象として設けられる。法律によって設置が義務付けられるもの（国民健康保険特別会計・介護保険特別会計・後期高齢者医療特別会計等）と、地方公共団体が条例で設置するもの（病院事業・水道事業・駐車場事業等）がある。特別会計は独自の歳入・歳出を持ち、独立採算を基本とする企業的事業では公営企業会計として別途の会計規則が適用される。市区町村の財政分析では一般会計に特別会計を加えた「連結」ベースでの把握が重要であり、連結実質赤字比率等の健全化判断指標の算定に用いられる。

法定の主要特別会計

市区町村が必ず設置する主な法定特別会計は国民健康保険（国民健康保険法第68条）・介護保険（介護保険法第3条）・後期高齢者医療（高齢者の医療の確保に関する法律第7条）である。これらは医療・介護の保険料収入と医療給付・介護給付費の収支を一般会計と区分管理する。

繰入金の管理

一般会計から特別会計への繰出金は、法定繰出（保険基盤安定繰出等）と任意繰出（法定外繰出）に区分される。法定外繰出は一般財源の持ち出しであり、財政全体への影響を把握するためにその規模を継続的にモニタリングする必要がある。