主管課

自治体の事務は複数の課にまたがる場合が多いが、その中でも政策形成・予算要求・条例案作成・議会答弁準備を主担当として担う課が主管課となる。事務分掌規程（地方自治法第158条）が各課の所管事務を定め、主管課は対外的な窓口として国・都道府県・事業者・住民との調整を行う。主管課の特定が曖昧な場合は関係部署間で所管争いが生じることがあり、副首長・総務部門が調整役を担う。

主管課と参謀課の役割分担

主管課が起案・執行の主体を担うのに対し、財政課（予算調整）・法制担当課（条例審査）・総務課（人事・庁内横断事項）等は全庁横断的な管理機能を担う部署として機能する。大規模プロジェクトでは複数課を束ねる「幹事課」が主管課の役割を担い、各課が分担した事務を統括する体制が組まれることもある。 「参謀課」は法令上の用語ではないが、財政課・法制担当課・人事課・総務課のように全庁的な管理・調整を担う部署を指す慣行的な表現だ。主管課は事業固有の専門知識を持ち、参謀課は組織横断的な整合性（財源・法的根拠・人員等）の観点から調整する役割分担が機能することで意思決定の質が高まる。主管課が参謀課を経由せずに直接首長に上申するケース（いわゆる「飛び越え起案」）は規程上禁じられていることが多い。

主管課の変更と事務引継ぎ

組織改編（部局再編・新設・廃止）に伴い主管課が変更される場合、事務引継ぎは文書（引継書）と口頭説明の組み合わせで行われる。進行中の事業・訴訟・交渉は、旧主管課から新主管課への確実な引継ぎが組織責任として問われる。主管課の変更は予算の所管も変わるため、補正予算・流用手続きとセットで処理が必要となる場合がある。 行政組織規程（地方自治法第158条に基づく規則等）の改正で主管課が変更になる場合、引継ぎ書（進行中案件一覧・重要決定事項・関係機関連絡先等）の作成が義務付けられることが多い。引継書は文書管理規程で保存期限・様式が定められており、訴訟・審査請求が係属中の案件については弁護士等との連絡関係の引継ぎが特に重要だ。主管課の変更と同時に予算の所属課目も変わるため、3月補正・予算流用との連動確認が会計担当との実務調整として発生する。