国庫補助金

国庫補助金（国庫支出金）は補助率（国1/2、1/3等）と自治体の負担割合（補助裏負担）のセットで理解する必要がある。補助率1/2の事業では自治体が1/2を一般財源または地方債で充当しなければならず、自治体の財政状況によっては補助金申請が財政負担増大を招くケースもある。補助金の執行は補助金適正化法（昭和30年法律第179号）に基づき、申請→交付決定→事業実施→実績報告→精算交付（または返還）という一連のサイクルで管理される。

一般補助金・特定補助金の区分

補助目的が特定されない一般補助金（地方交付税・地方譲与税等）と特定の事業・施設に限定する特定補助金（国庫補助金の大部分）は財政上の性格が異なる。特定補助金は財源の使途が縛られるため、自治体の政策優先順位と乖離した事業を実施させる「ひも付き補助金」として地方分権改革の議論で批判を受けた。補助金の一括交付金化（旧民主党政権下の「一括交付金」制度）は2012年度以降廃止されたが、都市再生整備計画事業等でブロック補助（交付金）として残存している。

不正受給と返還義務

補助金の不正受給（虚偽申請・目的外使用・過大請求等）が発覚した場合、補助金全額の返還命令に加え、加算金（返還額の10%）・違約加算金（不正使用額の10.35〜40.5%相当）の納付義務が生じ（補助金適正化法第18条・19条）、補助事業の5年間新規申請禁止等のペナルティが課される。自治体が補助事業者に交付する補助金についても、間接補助金として補助金適正化法の適用を受ける場合がある。