国の政策が法律案・政令・予算として形をなし、自治体の事務に降りてくる起点が内閣である。内閣は内閣総理大臣を首長とし、内閣総理大臣が任命する国務大臣で構成され、その職権はすべて閣議によって行使される合議制をとる。日本国憲法は議院内閣制を採用し、内閣は行政権の行使について国会に対し連帯して責任を負う。法律の誠実な執行、外交関係の処理、予算の作成と国会への提出、政令の制定などを職務とし、これらの意思決定は全会一致を慣行とする閣議で行われる。内閣の事務を補佐する内閣官房や、法令審査を担う内閣法制局などの補助機関が置かれ、自治体に関わる法令・通知の多くはこの内閣の意思決定を経て生み出される。
議院内閣制と国会への責任
日本国憲法は議院内閣制を採用しており、内閣総理大臣は国会議員の中から国会の議決で指名され、国務大臣の過半数も国会議員でなければならない。内閣は行政権の行使について国会に対し連帯して責任を負い、衆議院で不信任の決議案が可決されたときは、10日以内に衆議院が解散されない限り総辞職しなければならない。この仕組みにより、内閣の存立は国会の信任に依拠する。
閣議による意思決定
内閣の職権は、内閣総理大臣が主宰する閣議によって行使される。閣議は非公開の合議体であり、その決定は全会一致を慣行とする。法律案・政令・予算の決定や人事など、政府としての重要な意思決定はこの閣議を経るため、自治体に影響する制度改正も最終的にはここで政府方針として確定する。
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