国が実施する直轄事業のなかには、用地取得や付帯工事など地方公共団体が経費を立て替えて先に施行したほうが事業を円滑に進められる場面がある。ところが立替施行を国と地方のどちらの判断でどう精算するかが省庁ごとにばらばらだと、自治体は事業ごとに異なる扱いに振り回される。そこで関係する複数の省庁の間で立替施行等の取扱いを共通の取り決めとして定めたのが5省協定である。立替施行という方式と表裏の関係にあり、自治体が立て替えた経費を後に国が精算する際の手続きの根拠として実務で参照される。直轄事業をめぐる国と地方の費用関係を理解するうえで、立替施行とあわせて押さえておく枠組みである。