農林水産省

自治体にとって農林水産省は、農地転用の許可制度や農業振興地域の指定、農業・農村整備の補助という面で関わる省庁である。農業・林業・水産業の振興、食料の安定供給、食の安全を所管し、農地法に基づく農地転用の許可、農業振興地域の整備に関する法律に基づく農用地区域の設定、土地改良事業や中山間地域への直接支払いなどを担う。これらの事務の多くは都道府県・市町村や農業委員会が実施し、農林水産省は制度の枠組みと補助金によって支える。2001年1月の中央省庁再編を経て存続し、外局として林野庁・水産庁を置く。地方支分部局として全国に地方農政局を置き、補助事業の執行や農地・農村整備の指導を担う。自治体の農政・農業委員会の担当が、農地行政や補助制度の根拠として参照する。

自治体との接点（農地行政と農業委員会）

農林水産省と自治体の中心的な接点は農地行政である。農地の売買・転用は農地法で規制され、農地を農地以外に転用する許可は原則として都道府県知事（一定面積以下は農業委員会の関与のもと）が行い、その許可基準や運用方針は農林水産省が示す。市町村に置かれる農業委員会は、農地の権利移動の許可や転用の意見、農地台帳の整備、遊休農地の調査などを担う行政委員会で、農林水産省・都道府県の制度に沿って事務を進める。農業振興地域の整備に関する法律に基づく農用地区域の設定は、優良農地を守る仕組みとして都市計画の線引きとも調整される。自治体の農政担当・農業委員会事務局にとって、農地転用や農振除外の判断、補助制度の根拠を確認する相手である。

農業・農村整備と林野・水産（補助事業と外局）

農林水産省は土地改良や農村整備の補助事業によって自治体の事業を支える。用排水路や農道の整備、ため池の改修、圃場整備といった土地改良事業には国の補助が充てられ、自治体や土地改良区が事業主体となって実施する。中山間地域等直接支払交付金や多面的機能支払交付金など、農地の維持や農村の共同活動を支える交付金もあり、市町村が窓口となって農業者に届く。外局の林野庁は森林・林業を所管し、森林経営管理制度や森林環境譲与税を活用した自治体の森林整備と関わる。同じく外局の水産庁は水産業を所管し、漁港の整備や漁業権の制度で沿岸自治体と関わる。地方農政局がこれら補助事業の執行や指導の窓口となる。